Khi tình trạng sức khoẻ của trẻ ổn định cho phép có thể gây mê được thì có thể tiến hành phẫu thuật. Một số các trung tâm phẫu thuật tại VN thường phẫu thuật khe hở môi vào thời điểm trẻ được 3 tháng tuổi. Tại khoa Sọ mặt và tạo hình bệnh viện Nhi TW có thể đánh giá tình trạng trẻ để phẫu thuật sớm hơn.
Với trường hợp khe hở vòm, một số trung tâm phẫu thuật khi trẻ trên 18 tháng, đạt 10kg cân nặng. Với từng trẻ, các bác sĩ sẽ đánh giá tình trạng trẻ và có thể phẫu thuật vào thời điểm trẻ được 9 tháng.
